Андрей, добрый день!
Да, обязанность по выделению долей предусмотрена ст. 10 ФЗ от 29.12.2006 N 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» пунктом 4 Статьи 10. Направление средств материнского (семейного) капитала на улучшение жилищных условий:
Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.
Таким образом, после погашения ипотеки, Ваша супруга и Вы должны оформить квартиру в общую совместную собственность с определением размера долей (вашей доли, доли супруги и долей детей) по соглашению.
сколько у вас детей и были ли вы в браке на момент выдачи маткапитала?