Как оформить 2 форму, если сложилась такая ситуация?

Сергей!

Судя по всему, прав скорее военкомат. В указанном Вами документе — Инструкции, утверждённой Приказом МО РФ №1313 от 27.10.10 есть такие положения (п.12):

Оформление допуска к государственной тайне гражданам Российской Федерации, пребывающим в запасе и поступающим на военную службу по контракту либо подлежащим призыву на военную службу (в том числе по мобилизации), на военные сборы, а также гражданам Российской Федерации, не пребывающим в запасе и подлежащим призыву для прохождения военной службы, которым требуется допуск к государственной тайне для исполнения служебных обязанностей, осуществляется военными комиссариатами по месту их воинского учета на основании соответствующих расчетов, разрабатываемых Генеральным штабом Вооруженных Сил, и выписок из номенклатур должностей работников, подлежащих оформлению на допуск к государственной тайне (форма N 3)*(13). Военные комиссариаты после получения выписок из номенклатур должностей (форма N 3) в срок не позднее 10 дней направляют в соответствующие органы безопасности их копии и выписки из указанных расчетов в объеме должностей, подлежащих оформлению на допуск к государственной тайне.

Как видно, выписка из номенклатуры должностей действительно требуется военкомату.

Если Вам необходима дополнительная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат, по правилам сайта услуги в чате платные, предоплата. 
Всего доброго!