Виктория, добрый день!
Государственное учреждение (унитарное предприятие), которое владеет на праве хозяйственного ведения или оперативного управления не вправе определять юридическую судьбу имущества (здания в данном случае), которое данному учреждению вверено, без согласия собственника здания.
Право на имущество, закрепляемое за унитарным предприятием на праве хозяйственного ведения или на праве оперативного управления собственником этого имущества, возникает с момента передачи такого имущества унитарному предприятию, если иное не предусмотрено федеральным законом или не установлено решением собственника о передаче имущества унитарному предприятию (п. 2 статьи 11 Федерального закона от 14.11.2002 N 161-ФЗ «О государственных и муниципальных унитарных предприятиях»).
В данной ситуации государственная организация 2 будет являться собственником данного здания ввиду того, что за счет средств, выделенных ей для реализации своих задач из бюджета субъекта/федерального бюджета произвела его строительство; оно не было ей передано.
Но прежде всего надо ознакомиться с уставом гос.организации 2, чтобы однозначно ответить на вопрос по поводу распоряжения имуществом, которое создается за счет средств, выделяемых из бюджета.
Необходимо также учитывать положения пункта 3 статьи 18 Федерального закона № 161-ФЗ:
Движимым и недвижимым имуществом государственное или муниципальное предприятие распоряжается только в пределах, не лишающих его возможности осуществлять деятельность, цели, предмет, виды которой определены уставом такого предприятия. Сделки, совершенные государственным или муниципальным предприятием с нарушением этого требования, являются ничтожными.
Отношения по передаче недвижимого имущества оформляются договором купли-продажи недвижимости.
Успехов Вам!
С уважением, Владислав Мозгалев