Смогу ли я после приватизации квартиры в Королёве протираться в квартире в Москве?

Добрый день Дмитрий!

 Каким образом можно зафиксировать данную договоренность?

Путем заключения брачного договора (ст. 40 Семейного кодекса РФ): 

Брачным договором признается соглашение лиц, вступающих в брак, или соглашение супругов, определяющее имущественные права и обязанности супругов в браке и (или) в случае его расторжения.

Могу ли я в данном случае претендовать на налоговый вычет за квартиру и за проценты по ипотеке?

Можете исходя из величины расходов каждого супруга, подтвержденными документально или на основании заявления супругов о распределении расходов каждого из супругов.

Есть ли опция оформить квартиру поровну с женой, но в случае развода, чтобы квартира осталась ей?

Да, это можно определить брачным договором.

Как процент моей доли в квартире может повлиять на получение налогового вычета?

См. выше.

Смогу ли я после приватизации квартиры в Королёве протираться в квартире в Москве?

Да, сможете.