Здравствуйте, Дмитрий! Для того чтобы каждый из собственников долевой собственности смог воспользоваться имущественным налоговым вычетом в размере 1 000 000 рублей при продаже квартиры необходимо каждому из них заключить договор купли-продажи доли (п.3 ст.210, п.2 ст.220 НК РФ).
То есть, продавать не всю квартиру одним договором купли-продажи, а заключать три договора о продаже 1/3 доли в праве собственности.
Однако, в этом случае сделка потребует обязательного нотариального удостоверения (ч.2 ст.42 Федеральный закон от 13.07.2015 N 218-ФЗ).