Добрый день,
Да, применяется, по каждому платежу отдельно.
Верховный суд разъяснял в Пленуме №56 «О применении судами законодательства при рассмотрении дел, связанных со взысканием алиментов»:
65. Исходя из положений статьи 4 СК РФ и статьи 208 ГК РФ суд может по заявлению стороны в споре применить исковую давность и отказать в удовлетворении иска (полностью или в части) о взыскании неустойки по мотиву пропуска срока исковой давности, исчисляемого отдельно по каждому просроченному месячному платежу (статьи 196 и 199 ГК РФ).