Такая ситуация для того чтобы получать Путинские пособия нужна постоянная прописка, мы переехали из Красноярска в Самару и у нас пока нет постоянной прописки, но временная

Здравствуйте.

Для регистрации ребенка по месту жительства в Красноярске Вы (один из родителей) должны лично присутствовать в регистрирующем органе Красноярска. 

Вы можете сделать ребенку временную регистрацию в Самаре по месту Вашей регистрации (согласие собственников или других жильцов на регистрацию несовершеннолетнего не требуется).

По поводу того, что т.н. «Путинское пособие» можно оформить только при наличии постоянной регистрации — Вас кто-то ввёл в заблуждение.

В соответствии со статьей 2 ФЗ «О ежемесячных выплатах семьям, имеющим детей» от 28.12.2017 №418-ФЗ

4. Заявление о назначении ежемесячной выплаты в связи с рождением (усыновлением) первого ребенка подается гражданином по месту жительства (пребывания) или фактического проживания в орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющий полномочия в сфере социальной защиты населения, непосредственно либо через многофункциональный центр предоставления государственных и муниципальных услуг.

Приказ Минтруда России от 29.12.2017 №889н (ред. от 28.08.2019) «Об утверждении Порядка осуществления ежемесячных выплат в связи с рождением (усыновлением) первого ребенка и (или) второго ребенка, обращения за назначением указанных выплат, а также перечня документов (сведений), необходимых для назначения ежемесячных выплат в связи с рождением (усыновлением) первого и (или) второго ребенка» 

9. Заявление о назначении выплат подается с предъявлением следующих документов:
а) документы, удостоверяющие личность, подтверждающие место жительства (пребывания) или фактического проживания заявителя;

Если Вам отказывают в Самаре в принятии документов для назначения ежемесячной выплаты на ребенка, требуйте отказ в письменном виде и обжалуйте его в судебном порядке.

Перечень необходимых документов можете посмотреть тут: https://clck.ru/NNXDW