Регистрация договора купли-продажи доли

Добрый день! Полагаю стоит рассматривать вашу ситуацию следующим образом: 

Заключение договора продажи недвижимости — осуществляемого в силу ст. 550 ГК РФ в письменной форме путем составления одного документа, подписанного сторонами, — момент получения лицом, направившим оферту, ее акцепта от другого лица совпадает с моментом подписания договора его сторонами. Поэтому договор продажи недвижимости считается заключенным и, соответственно, вступает в силу с момента подписания его обеими сторонами договора (смотрите, к примеру, постановление Федерального арбитражного суда Центрального округа от 02.09.2011 N Ф10-2751/11 по делу N А48-3834/2010 и от 08.07.2011 N Ф10-2326/11 по делу N А64-5804/2010, определение СК по гражданским делам Верховного Суда Чувашской Республики — Чувашии от 01.07.2015 по делу N 33-2824/2015, Кассационное определение СК по гражданским делам Мурманского областного суда от 17.08.2011 по делу N 33-2321). Данный вывод согласуется и с позицией ВАС РФ, указавшего со ссылкой на п. 1 ст. 425 ГК РФ, что если иное не предусмотрено ГК РФ, договор купли-продажи недвижимого имущества следует считать заключенным с момента его подписания сторонами, а не с момента государственной регистрации или фактической передачи имущества (постановление Президиума ВАС РФ от 16.09.2008 N 6343/08).
 

 
Когда вы подписывали второй договор, вы должны были его составлять с учетом уже проданной доли, то есть если мы берем за основу, что договор вступает в силу с момента подписания, предмет второго договора должен был быть иным. 
 
В соответствии со ст. 1 218-фз от 13.07.2015 года
 

Государственная регистрация прав на недвижимое имущество — юридический акт признания и подтверждения возникновения, изменения, перехода, прекращения права определенного лица на недвижимое имущество или ограничения такого права и обременения недвижимого имущества (далее — государственная регистрация прав).
Государственная регистрация права в Едином государственном реестре недвижимости является единственным доказательством существования зарегистрированного права. Зарегистрированное в Едином государственном реестре недвижимости право на недвижимое имущество может быть оспорено только в судебном порядке.

 
 
 
На момент регистрации второго договора — предмет договора не соответствует действительности, поэтому регистратор приостановил регистрацию. Полагаю, вам придется заключать дополнительное соглашение ко второму договору купли-продажи доли.
Всего хорошего и удачи!