Добрый день.
Так как генеральный директор является наемным работником соответственно не уволить его не имеют права.
ст. 280 ТК РФ.
Руководитель организации имеет право досрочно расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя (собственника имущества организации, его представителя) в письменной форме не позднее чем за один месяц.
Для надлежащего увольнения Вам необходимо:
1. Направить в адрес учредителя и ООО уведомление о намерении уволиться. Срок направления не менее чем за 30 дней до даты увольнения.
2. После получения учредителем заказного письма с уведомлением необходимо передать документы компетентному лица (заместителя, ИО и т.д.).
3. В случае отсутствия ответа от учредителя генеральный директор самостоятельно (либо иное должностное лицо в компетенцию которого входят данные обязанности) издает приказ об увольнении по собственному желанию, вносит запись в трудовую книжку, производит расчет.
4. Необходимо подготовить форму 34001 приложить приказ об увольнении и подать в ИФНС.