Как зарегистрировать незавершенное строительство, если договор аренды закончился?

Согласно п.8 ст. 39.8 ЗК РФ, договор аренды земельного участка, находящегося в государственной или муниципальной собственности, заключается:
1) на срок от трех до десяти лет в случае предоставления земельного участка для строительства, реконструкции зданий, сооружений, за исключением случаев, предусмотренных подпунктами 2 и 3 настоящего пункта и пунктом 9 настоящей статьи;
2) на срок до сорока девяти лет для размещения линейных объектов;
3) на срок двадцать лет в случае предоставления гражданину земельного участка для индивидуального жилищного строительства или земельного участка в границах населенного пункта для ведения личного подсобного хозяйства;
Разрешение на застройку выдается на срок 10 лет согласно статье 51 (пункт 19) ГрК.
 Из Вашего вопроса следует, что Вам отказали в регистрации  незавершенного строительства в период, когда договор еще не был расторгнут, но гражданский кодекс никто не отменял, и просроченный договор аренды продолжает действовать до тех пор, пока его не расторгнут. Следовательно,  право собственности в Росреестре должны были  зарегистрировать.
 Если срок обжалования действий регистратора, который составляет 3 месяца не прошел, обжалуйте отказ в суде.
Если решение будет в Вашу пользу, то  администрация примет этот факт и передаст земельный участок в аренду на следующий срок уже без проведения торгов, в противном случае земельный участок будет выставлен на торги и Вы будете участвовать на общих основаниях.