Добрый день!
В такой ситуации я бы порекомендовала заключить Вашему сыну со своей супругой брачный договор, включив в него условие об оплате первоначального взноса за счёт личных средств вашего сына, тем самым при разводе Ваш сын получит долю в квартире больше на часть, которая соизмерима с суммой первого взноса.
На просторах интернета некоторые юристы предлагают в таком случае оформить договор дарения денежных средств на первоначальный взнос по ипотеке, но, моё мнение, что в случае судебного спора и раздела имущества будет очень сложно доказать, что именно те деньги, которые подарены Вами вашему сыну, были вложены в ипотеку. Деньги относятся к родовым вещам и не имеют индивидуально-определённых признаков.