Здравствуйте. Анастасия!
Чтобы сирота имел право претендовать на жильё от государства, нужны два условия: 1) он должен быть отнесён к категории лиц, на которых распространяется Федеральный закон от 21.12.1996 N 159-ФЗ«О дополнительных гарантиях по социальной поддержке детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей», и 2) у него не должно быть жилья, в котором бы он имел право пользования.
Из вашего вопроса видно пока только одно условие (родители были лишены родительских прав, и он воспитывался в детском доме, по-видимому). Если он прописан и вселён в квартиру сестры в предусмотренном законом порядке, где приобрёл такими действиями право пользования этим жильём, либо за ним изначально (при направлении его в детдом) решением администрации было закреплено родительское жильё, тогда у администрации района могут быть основания для отказа ему во включении его в список сирот, нуждающихся в улучшении жилищных условий. Если же он не приобрёл нигде право пользования жильём, и родительское жильё за ним не закреплено для пользования, то он может претендовать на жильё от государства. Надо выяснять второй вопрос.