Здравствуйте, Алексей! Если я правильно понял Ваш вопрос, то судя по всему уголовное дело возбуждено по части 2 статьи 145.1 УК РФ. Оно относится к категории преступлений небольшой тяжести, так как предусматривает максимальное наказание в виде трёх лет лишения свободы. В этом случае срок давности привлечения к уголовной ответственности составляет 2 года с момента совершения преступления. Поэтому продление срока следствия до 39 месяцев может быть вызвано только тем, что обвиняемый отрицает свою вину и пытается добиться прекращения дела за отсутствием состава преступления, то есть своего оправдания.
По части 2 статьи 145.1 УК РФ дело может быть возбуждено только в отношении конкретных лиц, поскольку данным преступлением предусмотрены спецсубьекты — руководители организации.
По сути для руководителя организации уже уголовной ответственности по этой части статьи не будет в любом случае, так как истекли сроки давности привлечения к уголовной ответственности. Но прекращение дела в связи с истечением срока давности привлечения к уголовной ответственности является нереабилитирующим основанием (то есть не оправдывающим — вина установлена, но дело прекращено в связи с истечением срока давности). Полагаю, что руководитель организации не даёт согласия на прекращение дела по этому основанию, так как хочет оправдаться, потому следствие и затягивается.
На часть 3 данной статьи дело может быть переквалифицировано только при наличии тяжких последствий. Эта понятие оценочное. А потому это будет решать следователь есть ли эти последствия.
Надеюсь я Вам помог. Удачи Вам!