Здравствуйте, Венера!
Да, вы должны выделить долю бывшему супругу, согласно обязательства.
Средства материнского капитала не относятся к общему имуществу супругов, в связи с чем наличие или отсутствие брачного договора не изменяет обязанности по выделению доли родителям, и исполнению условий нотариального обязательства (п. 2 ст. 34 СК РФ, Определение Верховного Суда РФ от 26 января 2016 г. N 18-КГ15-224, письмо ФНП от 1 июля 2016 г. N 2305/03-16-3).
Согласно п. 4 ст. 10 закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» жилое помещение, приобретенное с использованием средств семейного капитала, оформляется в общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.
При определении долей можно исходить из того, что доля в праве собственности на квартиру, должна быть пропорциональна размеру денежных средств, полученных гражданином из бюджета(п. 13 «Обзора судебной практики по делам, связанным с реализацией права на материнский (семейный) капитал» утв. Президиумом Верховного Суда РФ 22.06.2016).
С уважением, Людмила.
Необходимо добавить, что вы не лишены права заключить соглашение в соответствии с которым ваш супруг отказывается от доли в пользу детей или произвести отчуждение его доли в пользу детей, по договору дарения.