В данном случае перерасчет за доп.метры зависит от условий, которые имеются в Вашем ДДУ. Обычно в договоре указаны понижающие коэффициенты по площадям лоджий и балконов.
Если Вы не согласны с перерасчетом за метры, а Застройщик при этом отказывается подписывать с Вами акт приема-передачи, обратитесь к нему с письменной претензией с требованием подписать акт, т.к. срок передачи квартиры является существенным условием Договора, за просрочку которого у Застройщика наступает ответственность в виде пени в размере 1/150 ключевой ставки от цены ДДУ за каждый день просрочки передачи квартиры.
Оплата Дольщиком цены Договора (тем более доплата за доп.метры) или его отказ от оплаты не может ставиться в зависимость от возможности или отказа в подписании акта приема-передачи квартиры. Квартира может быть передана по акту с указанием задолженности.
В любом случае при наличии разногласий друг к другу Стороны должны письменно оформлять свои претензии.