Уважаемая Ольга, здравствуйте!
В письме Минфина России от 28.07.2010 N 03-07-11/315 разъясняется, что увеличение налоговой базы на суммы, не связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг), НК РФ не предусмотрено:
Увеличение налоговой базы на суммы, не связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг), Кодексом не предусмотрено.
Учитывая изложенное, вышеуказанные денежные средства, полученные продавцом за нереализованные товары, в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость не включаются.
В Вашей ситуации произошло хищение товара, что не является реализацией.
Поэтому собственник товара не имеет права облагать похищенные товары НДС.
Суды также считают, что сумма возмещения убытков (ущерба), полученная организацией, не облагается НДС, поскольку не связана с реализацией товаров, работ, услуг. См. например, постановление ФАС Московского округа от 22.08.2011 N Ф05-7956/11:
Перечисление денежных средств поставщиком товара ненадлежащегокачества, согласно выставленной покупателем претензии, является не
реализацией товаров (работ, услуг), а возмещением понесенных покупателем по вине продавца расходов (убытков). Следовательно, в данной ситуации объекта налогообложения по НДС не возникает.
С уважением, Роман Артемьев.
Ольга, к своему ответу также считаю нужным добавить то, что:
Суды считают, что налог не подлежит взысканию с перевозчика. Ведь ответственность перевозчика прописана в Гражданском Кодексе, именно в ст. 796 ГК РФ, а гражданское право не применяется к налоговым правоотношениям. Следовательно ответственность грузоперевозчика ограничивается лишь обязанностью возместить стоимость утраченного товара. (Постановление ФАС Уральского округа от 06.03.06 №Ф09-1156/06-C6).
Также в письмах Минфина России от 13.10.2010 № 03-07-11/406 и от 07.10.2008 № 03-03-06/4/67 высказана следующая позиция, что выбытие имущества по причинам, не связанным с реализацией (например, потерей, порчей, хищением) на основании норм ст. 39 и 146 НК РФ, объектом обложения НДС не является. В связи с этим в случае компенсации ущерба виновным лицом денежными средствами начисление НДС не производится.
Собственник утраченного товара на сумму возмещения НДС не начисляет и счет-фактуру перевозчику не выставляет.