Добрый вечер, Анастасия! Могут не совпадать, но должны соответствовать требованиям ПЗЗ.
Если Ваш дом сиротствует этим параметрам: (ГрК РФ Статья 1. 39)) объект индивидуального жилищного строительства — отдельно стоящее здание с количеством надземных этажей не более чем три, высотой не более двадцати метров, которое состоит из комнат и помещений вспомогательного использования, предназначенных для удовлетворения гражданами бытовых и иных нужд, связанных с их проживанием в таком здании, и не предназначено для раздела на самостоятельные объекты недвижимости.
У вас проблем быть не должно, но могут если при строительстве нарушены нормы установленные ПЗЗ, а это отступы от границ и площадь застройки участка.
Кроме того
Федеральный закон от 03.08.2018 N 340-ФЗ (ред. от 02.08.2019) «О внесении изменений в Градостроительный кодекс Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации» Статья 16
11. Объект индивидуального жилищного строительства, разрешение на строительство которого получено до дня вступления в силу настоящего Федерального закона, может превышать параметры, указанные в пункте 39 статьи 1 Градостроительного кодекса Российской Федерации (в редакции настоящего Федерального закона), при условии, если параметры такого объекта соответствуют требованиям указанного разрешения на строительство.
То есть и можно больше по этажности и высоте, но если это есть в разрешении на строительство. Для детального понимания отказа администрации, конечно, надо видеть эти отказы.
И еще посмотрите:
Об отличии значения площади здания — объекта индивидуального жилищного строительства, полученного в результате кадастровых работ, и значения площади, указанного в разрешении на его строительство
МИНИСТЕРСТВО ЭКОНОМИЧЕСКОГО РАЗВИТИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИ от 11 мая 2017 года N ОГ-Д23-5493