Квартира, приобретаемая с использованием ипотечного кредита, будет оформлена в собственность с обременением в виде ипотеки на заемщика, указанного в кредитном договоре. Если Вы планируете участвовать в погашении ипотечного кредита, но при этом не будете указаны в качестве созаемщика, Вы сильно рискуете, т.к. заемщик по ипотечному кредиту, являющийся собственником квартиры, в будущем может не захотеть оформлять часть квартиры на Вас, и в случае спора придется доказывать в судебном порядке факт погашения части ипотечного кредита собственными средствами.
В связи с этим желательно сразу оформлять ипотечный кредит на двоих, тогда и квартира будет также в долевой собственности, либо, если Вы не будете созаемщиком, лучше не участвовать в оплате ипотечного кредита.