Что делать, если вызвали в налоговую из-за доходов от работы в Яндекс Такси?

Здравствуйте, Константин!

Год подрабатывал в Яндекс такси, неофициально. Ни договора, ни лицензии не было.

Константин

при отсутствии у Вас статуса ИП и лицензии зарегистрироваться на Яндекс.такси Вы могли только с помощью посредников (юр. лицо или ИП), оказывающих агентские услуги. в качестве агента они получают деньги от Яндекс.такси за услуги оказанные водителями, которых они подключили, и перечисляют их этим водителям за минусом своего вознаграждения. именно от такого посредника ФНС и получила, вероятнее всего, информацию о Вас, в т.ч. о перечислении денег на счет Вашей супруги.

кроме того, ФНС могла выявить поступления на счет Вашей супруги и иным образом (раз вопросы адресуются именно к ней), например проведя проверку ее как налогоплательщика, после подачи ею налоговой декларации. 

Заставят ли платить 13% от дохода.

Константин

уплатить НДФЛ в соответствии с нормами гл.23 НК ее заставят, конечно, если она не докажет ФНС, что данный доход не подлежит налогообложению. 

при этом, есть вероятность, что ФНС посчитает ее лицом, ведущим предпринимательскую деятельность без регистрации в качестве ИП, со всеми негативными последствиями этого, в частности привлечение к административной ответственности по КоАП, к налоговой ответственности как налогоплательщика на общей системе налогообложения (т.е. НДФЛ и НДС) и прочее.