Продолжительность рабочей недели

Эдуард, здравствуйте! Давайте по порядку.

Продолжительность рабочей недели у начальника-врача филиала медицинской организации (органа исполнительной власти) составляет 39 или 40 часов в неделю?

Если он относится к медицинским работникам (а я так понимаю, что относится), то не более 39 часов в неделю. 40 часов в такой ситуации не должно быть.

13) медицинский работник — физическое лицо, которое имеет медицинское или иное образование, работает в медицинской организации и в трудовые (должностные) обязанности которого входит осуществление медицинской деятельности, либо физическое лицо, которое является индивидуальным предпринимателем, непосредственно осуществляющим медицинскую деятельность;

Смотрим, что такое медицинская деятельность:

10) медицинская деятельность — профессиональная деятельность по оказанию медицинской помощи, проведению медицинских экспертиз, медицинских осмотров и медицинских освидетельствований, санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий и профессиональная деятельность, связанная с трансплантацией (пересадкой) органов и (или) тканей, обращением донорской крови и (или) ее компонентов в медицинских целях;

Я думаю с определениями все понятно. Так вот, если он медицинский работник, тогда применяется статья 350 ТК РФ:

Для медицинских работников устанавливается сокращенная продолжительность рабочего времени не более 39 часов в неделю.

«Не более» означает, что может быть и меньше 39 часов в неделю. У кого меньше — как раз и установлено этим самым ПП № 101. Там есть категории работников (с учетом специфики работы) для которых установлена 36-часовая, 33-часовая, 30-часовая и 24-часовая рабочая неделя. 

А как быть с теми врачами, которые имеют специальные звания? На них ведь тоже должно распространяться ПП и ТК РФ, если иное не установлено ФЗ? Если ФЗ не установлено, то пользоваться нужно другими нормами, перечисленные выше?

Если это «гражданская» работа, то применяются именно указанные выше нормативные акты.

И еще: Зависит ли сокращенная продолжительность рабочей недели по ПП № 101 от специальной оценки труда? ( по вредности)

Зависит. Причем напрямую. В статье 92 ТК РФ указано:

Сокращенная продолжительность рабочего времени устанавливается:
…
для работников, условия труда на рабочих местах которых по результатам специальной оценки условий труда отнесены к вредным условиям труда 3 или 4 степени или опасным условиям труда, — не более 36 часов в неделю.

С уважением!