Как при продаже квартиры пояснить налоговой, что будучи ИП я не использовал ее в предпринимательской деятельности?

Добрый вечер.

Ничего страшного не произошло, это стандартный запрос. Вам необходимо предоставить пояснения и истребованные документы. В пояснениях так и напишите, что жилое помещение не было использовано в предпринимательской деятельности, а поскольку находилось в собственности более 5 лет, то не является объектом налогообложения НДФЛ по ст.ст.217 и 220 НК РФ. Если деньги от продажи Вами не вносились на расчетный счет/в кассу, что будет видно из запрошенных налоговой и представленных Вами книг, то это налоговая должна будет доказать, что квартира как-то касается предпринимательства и средства от её продажи попадают под УСН.