Перерегистрация автомобиля - номер двигателя

Здравствуйте, Алексей! 

Правомерен ли их отказ в приёме документов или же необходимо в данной ситуации звать старшего инспектора и чем тогда оперировать, чтобы не входить в конфронтацию?

Отказ неправомерен. В приёме документов вообще не могут отказать, могут октазать в совершении регистрационных действий, но не по этому основанию. 

Здесь следует сотрудникам порекомендовать читать весь пункт 17 полностью:

Регистрация транспортного средства, изменение его регистрационных данных, связанное с заменой номерных агрегатов, производится с учетом требований пункта 4 настоящих Правил на основании заключенного в установленном порядке договора либо иных документов, удостоверяющих право собственности на транспортное средство и (или) раму, кузов (кабину) и подтверждающих возможность допуска их к участию в дорожном движении по дорогам общего пользования на территории Российской Федерации.
В случае замены двигателя транспортного средства на аналогичный по типу и модели, внесение сведений в банки данных о владельцах транспортных средств о его номере осуществляется регистрационным подразделением Госавтоинспекции при производстве регистрационных действий на основании результатов осмотра без представления документов, удостоверяющих право собственности на него.

Законодатель отделяет номерные агрегаты, на которые требуются документы, от двигателя, и конкретно указывает, что именно на двигатель документы, удостоверяющие право, не требуются. 

В новых правилах регистрации, пункт которых Вы привели в вопросе,  прямо прописано, что в случае замены двигателя представлять в ГИБДД документы о праве собственности на него не нужно. При этом новый двигатель должен быть аналогичным старому по типу и модели.

ПРи  перерегистрации  автомобиля новому собственнику какие-либо дополнительные документы на двигатель  не нужны:инспектор на площадке должен проверить, не объявлен ли мотор в розыск и не менялась ли конструкция машины (установка более мощного двигателя в автомобиль считается изменением конструкции). Если вопросов не возникает, информация о новом моторе вносится в ПТС при регистрации машины.

Поэтому Вы вправе потребовать соблюдения закона при регистрации, а вслучае, если сотрудники, всё-таки, потребуют дополнительные документы — письменный отказ в совершении регистрационных действий, который Вы  обжалуете в судебном порядке.