Добрый день, Николай.
Как я поняла, если собственность муниципальная, то собственником является не то лицо, которое продало Вам квартиру, а муниципалитет. Вы не делали выписку из ЕГРН?
Есть два варианта:
1. возможно тот, кто продал Вам квартиру сейчас проводит приватизацию и после нее Ваша сделка сможет стать законной и вы сможете зарегистрировать ее;
2. вам нужно расторгать договор и требовать возврата оплаченных денег. Если добровольно не соглашается, то идти в суд и оспаривать сделку и требовать возврата денег за необоснованное обогащения, так как у него не было правомочий распоряжаться квартирой.
Но для начала закажите выписку из егрн, чтобы предметно решать задачу.