Добрый день!
В вашем случае главный риск — это риск возврата не полной уплоченной стоимости за квартиру, в случае расторжения договора купли-продажи или признания его недействительным. В этом случае, по правилам пункта 2 статьи 167 ГК РФ, продавец обязан будет вернуть Вам всю сумму, полученную им по договору. При этом, если в договоре цена будет заниженной, то и вернет продавец не всю стоимость квартиры. Чтобы этого избежать можно предложить два условия выхода из ситуации, применять которые следует одновременно:
1. Все деньги передавать толтко по расписке, в которой полностью прописать все параметры сделки, а так же паспортные данные передающей и получающей стороны.
2. Основную сумму написать в договоре купли-продажи, который и подавать в РОСРЕЕСТР, а разницу прописать в дополнительном соглпшении к нему, которое оставить на руках у сторон, без подачи на регистрацию. При этом гаписать, что указанная в договоре сумма корректируется, а разница передается отдельной распиской. В этом случае, при расторжении договора Вы сможете апелировать к дополнительному соглашению, и требовать возврата денег с его учетом.
Дополнительно хочу отметить, что по изложенным Вами условиям непонятно, почему у Вас сумма договора купли-продажи и кредитного договора не соответствуют друг другу. Сделки эти будут подаваться в регистрирующий орган, к ним будет иметь доступ налоговая, тогда зачем оставлять их с такой существенной разницей в цене — велик риск привлечения к ответственности за неуплату налогов с реальной стоимости.