Валерия, браки, заключенные между гражданами Российской Федерации и иностранными гражданами, заключенные за пределами РФ с соблюдением законодательства Швеции, в Вашем случае, признаются действительными в РФ, если нет обстоятельств:
— зарегистрирован брак лицами, из котрых хотя бы один уже состоит в зарегистрированном браке,
— между близкими родственниками ( по прямой восходящей и нисходящей линии),
-Усыновленными и усыновителями,
— лицами, из которых хотя бы одно лицо признано судом недееспособным.
Документ о заключении вами брака на территории Швеции должен бать выдан по правилам Швеции, на нем должен стоять штамп Апостиль, на территории России вы его должны перевести на русский язык ( подлинность подписи переводчика заверить у нотариуса). При наличии таких условияй и документов Вам не должны отказывать в признании ваших брачных отношений. В случае отказа требуйте (причем тоже письменно) отказ в письменной форме. Письменный отказ Вы сможете обжаловать в судебном порядке.
ЗАГС проставляет установленные отметки, обращаться Вы имеете право и в МФЦ, и в ЗАГС. Но коль скоро возникла волокита в вопросе, лучше обращаться непосредственно в компетентный орган (ЗАГС) и если будет отказ, сам ЗАГС и будет его писать.