Какой порядок применения срока исковой давности в данном случае?

В отличие от сроков исковой давности, установленных ст. 181 ГК РФ, при реализации права на возврат НДФЛ при покупке квартиры срок исковой давности не установлен. То есть гражданин сможет обратиться за вычетом через много лет после приобретения квартиры. Но суммы возврата, конечно, будут действовать те, что установлены на момент возникновения у него права на возврат. Это полезно гражданам, которые временно не уплачивают НДФЛ (например, в конкретный период времени не работают). Но они смогут реализовать свое право, когда доход, с которого будет уплачиваться НДФЛ, появится.

Добрый день, общий срок давности 3 года.

Заявление о взыскании недоимки (пеней, штрафов) налоговый орган может подать в арбитражный суд по истечении года, но не позднее двух лет после окончания срока исполнения требования об уплате налога, пеней, штрафа (абз. 3 п. 1 ст. 47 НК РФ). То есть для обращения в суд у налоговиков есть один год. Схематично это можно представить следующим образом:
Окончание срока
исполнения требования
об уплате налога (пени, штрафа)
 /│\                                1 год                            2 года
--├───────────────────────────────────┼───────────────────────────────────┤
  │\________________  _______________/ \________________  _______________/
  │                 \/                                  \/
  │ Период для бесспорного взыскания    Период для обращения в суд с
    задолженности за счет имущества     заявлением о взыскании
    налогоплательщика                   задолженности