Здравствуйте, Антон. Правоотношения, о которых Вы пишете, можно оформить двумя способами: договором поручения, либо агентским договором. Обязанность ООО по отчислению НДФЛ может быть предусмотрена как одним, так и другим договором.
ГК РФ Статья 971. Договор поручения
1. По договору поручения одна сторона (поверенный) обязуется совершить от имени и за счет другой стороны (доверителя) определенные юридические действия. Права и обязанности по сделке, совершенной поверенным, возникают непосредственно у доверителя.
2. Договор поручения может быть заключен с указанием срока, в течение которого поверенный вправе действовать от имени доверителя, или без такого указания.
ГК РФ Статья 1005. Агентский договор
1. По агентскому договору одна сторона (агент) обязуется за вознаграждение совершать по поручению другой стороны (принципала) юридические и иные действия от своего имени, но за счет принципала либо от имени и за счет принципала.