Марина, здравствуйте!
Согласно ч. 4 ст. 10 Закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»
Жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, оформляется в общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.
Таким образом, право собственности на приобретенное на мат.капитал жилье по факту уже должно быть поделено в долях между членами семьи, включая Вас, супруга и детей.
Посмотрите свидетельства о госрегистрации права/выписки из реестра прав на квартиру- что там указано?
Если доли уже определены, то по сути встанет вопрос об определении порядка пользования жилым помещением.