Снятие гендиректора/учредителя с должности, если он является вторым участником

Сергей, здравствуйте.
Во-первых, необходимо ознакомится с Уставом Общества. В данному определен порядок организации и управления общества. В том числе порядок принятия решения Общего собрания общества, а также исключение из числа участников.
Зачастую большинство организаций не вносят в Устав положения, которые отличаются от положений ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью». Поэтому разберем именно такую ситуацию.
Смена генерального директора:
Вам (как участнику Общества, обладающему 50 % доли) необходимо созвать Внеочередное общее собрание участником Общества и вынести на повестку вопросы: 1. о досрочном прекращении полномочий действующего генерального директора. 2. О назначении генеральным директором непосредственно Вас.
Для этого Вам необходимо обратится с требованием о созыве внеочередного общего собрания. Указанное требование подать нарочно (один экземпляр с отметкой о принятии заявления оставьте у себя), либо почтой (заказным с уведомление).
Генеральный директор обязан в течение 5 дней с момента получения требования назначить дату проведения собрания (не позднее 45 дней с момента получения требования).
Если же требование будет проигнорировано, дата собрания не назначена Вы вправе созвать общее собрания самостоятельно, в Вашем случаи вы должны известить второго участника о дате, времени и месте общего собрания.
Решения принимаются большинством голосов от общего числа голосов участников общества, если необходимость большего числа голосов для принятия таких решений не предусмотрена настоящим Федеральным законом или уставом общества.
В данном случае для принятия решения по вопросам повестки принимаются большинством голосов от общего числа голосов участников общества, если необходимость большего числа голосов для принятия таких решений не предусмотрена уставом общества.
Если Вам удастся прийти к соглашению, вам необходимо будет оформить решение общего собрания о смене генерального директора и зарегистрировать его в налоговом органе.
Если же Вам не удастся договориться со вторым участником.
Вы праве обратится в Арбитражный суд исковым заявлением о исключении участника Общества.
В силу ст. 10 Закона об обществах с ограниченной ответственностью от 08.02.1998 №14-ФЗ участники общества, доли которых в совокупности составляют не менее чем десять процентов уставного капитала общества, вправе требовать в судебном порядке исключения из общества участника, который грубо нарушает свои обязанности либо своими действиями (бездействием) делает невозможной деятельность общества или существенно ее затрудняет.
Согласно пункту 1 статьи 67 Гражданского Кодекса РФ участник хозяйственного товарищества или общества вправе требовать исключения другого участника из товарищества или общества (кроме публичных акционерных обществ) в судебном порядке с выплатой ему действительной стоимости его доли участия, если такой участник своими действиями (бездействием) причинил существенный вред товариществу или обществу либо иным образом существенно затрудняет его деятельность и достижение целей, ради которых оно создавалось, в том числе грубо нарушая свои обязанности, предусмотренные законом или учредительными документами товарищества или общества. Отказ от этого права или его ограничение ничтожны.       
К таким нарушениям, в частности, может относиться систематическое уклонение без уважительных причин от участия в общем собрании участников общества, лишающее общество возможности принимать значимые хозяйственные решения по вопросам повестки дня общего собрания участников, если непринятие таких решений причиняет существенный вред обществу и (или) делает его деятельность невозможной либо существенно ее затрудняет
Обращаю Ваше внимание, что Вам необходимо будет доказать факт уклонения участника общества/генерального директора от участия Общества. Для этого, в-первую очередь подготовить доказательственную базу, подтверждающую Ваши исковые требования, например, Директор не проводит очередные общие собрания, не является на собрания, не участвует в жизни Общества, либо заключает экономически не выгодные для Общества сделки и т.п.)
Удачи Вам!