Имеет ли право бывший супруг выписать сына из квартиры, если он проживает в другом городе?

Здравствуйте, Елена.

Это может сделать собственник в судебном порядке. 

Постановление Правительства РФ от 17.07.1995 N 713 

31. Снятие гражданина с регистрационного учета по месту жительства производится органами регистрационного учета в случае:
е) выселения из занимаемого жилого помещения или признания утратившим право пользования жилым помещением — на основании вступившего в законную силу решения суда

; Если у Вас возникнут дополнительные вопросы, Елена, Вы можете заказать развернутую консультацию в чате выбранного юриста. Там же можно заказать анализ или составление необходимого документа. Услуги в чате оказываются на платной основе.

Порядок выписки из квартиры по суду предполагает учет следующих моментов:

владелец жилья подает заявление в суд с другими документами, подтверждающими необходимость и обоснованность выписки гражданина;
требуется наличие доказательств необходимости в выдворении человека, например, подтверждается, что он не оплачивает коммунальные услуги, не проживает в недвижимости или наносит объекту непоправимый вред своими незаконными действиями;
представляются документы, указывающие на то, что у конкретного гражданина отсутствует право проживать в недвижимости;
такие дела в суде рассматриваются в течение двух месяцев, а нередко вовсе затягиваются на более длительный срок.