Здравствуйте, Андрей!
Безусловно, может.
Статья 30 ЖК РФ. Права и обязанности собственника жилого помещения
1. Собственник жилого помещения осуществляет права владения, пользования и распоряжения принадлежащим ему на праве собственности жилым помещением в соответствии с его назначением и пределами его использования, которые установлены настоящим Кодексом.
…
3. Собственник жилого помещения несет бремя содержания данного помещения…
При этом ни статус ИП, ни факт отсутствия регистрации в квартире никакой роли не играет.
Оплата может осуществляться как с расчетного счета ИП, так и с текущего счета физ.лица.
Наличие регистрации при этом значения не имеет.
У Вас ИП на УСН, поэтому вообще проблем с оплатой за ремонт никаких (даже, если бы квартира не Вам принадлежала). Просто грамотно указывайте форму и порядок оплаты в договорах (подряда, оказания услуг).
Светлана, благодарю за ответ. Что значит «грамотно указывайте форму и порядок оплаты в договорах» — как именно должна быть указана форма оплаты? Может быть есть примеры?