В чем заключается причина отказа в предоставлении грамоты Министерства образования?

Добрый день, тут варианты такие — либо представление не дошло, либо не было рассмотрено, я так понимаю, Вы подходите под критерии награждения Почетной грамотой Министерства образования и науки Российской Федерации, поэтому исключаю несоответствие, Вам следует выяснять через направлявших представление, дошло ли оно и рассмотрено ли, ведь если рассмотрено и Вам отказали, то в соответствии с Пленумом ВС РФ от 10.02.2009 г. № 2, в суде Вы такой отказ пока оспорить не сможете, поскольку суд не вправе рассматривать целесообразность решения министра РФ или субъекта о награждении или отказе. 

Добрый день.

В соответствии с приказом Минобрнауки России от 26.09.2016 № 1223 «О ведомственных наградах Министерства образования и науки Российской Федерации» для награждения Почетной грамотой не требуется наличие какой-либо категории.

Грамота вручается за многолетний добросовестный труд и значительные заслуги в сфере образования, научной, научно-технической деятельности, воспитания, опеки и попечительства в отношении несовершеннолетних граждан, социальной поддержки и социальной защиты обучающихся, молодежной политики, иных сферах ведения Министерства.

Обязательным условием для награждения Почетной грамоты является стаж работы не менее 5 лет в представляющей к награждению организации.

Но  при этом потребовать грамоту Вы не можете:

ПЛЕНУМ ВЕРХОВНОГО СУДА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПОСТАНОВЛЕНИЕ
от 10 февраля 2009 г. N 2
О ПРАКТИКЕ РАССМОТРЕНИЯ
СУДАМИ ДЕЛ ОБ ОСПАРИВАНИИ РЕШЕНИЙ, ДЕЙСТВИЙ (БЕЗДЕЙСТВИЯ)
ОРГАНОВ ГОСУДАРСТВЕННОЙ ВЛАСТИ, ОРГАНОВ МЕСТНОГО
САМОУПРАВЛЕНИЯ, ДОЛЖНОСТНЫХ ЛИЦ, ГОСУДАРСТВЕННЫХ
И МУНИЦИПАЛЬНЫХ СЛУЖАЩИХ
…
25. При рассмотрении дела по существу суду надлежит выяснять:
имеет ли орган (лицо) полномочия на принятие решения или совершение действия. В случае, когда принятие или непринятие решения, совершение или несовершение действия в силу закона или иного нормативного правового акта отнесено к усмотрению органа или лица, решение, действие (бездействие) которых оспариваются, суд не вправе оценивать целесообразность такого решения, действия (бездействия), например при оспаривании бездействия, выразившегося в непринятии акта о награждении конкретного лица;

Кроме того:

ПРАВИТЕЛЬСТВО РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПОСТАНОВЛЕНИЕ
от 3 июня 2013 г. N 466
ОБ УТВЕРЖДЕНИИ ПОЛОЖЕНИЯ
О МИНИСТЕРСТВЕ ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
…
10. Министр:
…
учреждает в порядке, установленном нормативными правовыми актами Российской Федерации, ведомственный знак отличия, дающий право на присвоение звания «Ветеран труда», и иные ведомственные награды и награждает ими работников Министерства, подведомственных Министерству федеральной службы и федерального агентства, подведомственных организаций, а также других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, утверждает положения об этих знаке и наградах, а также их описания;

Таким образом, награждение грамотой является исключительным полномочием Министра.