Антон!
К сожалению, точный ответ на данный вопрос можно дать, только на основании положений Приказа Министра обороны РФ от 9.10.14 № 725 ДСП, а он, как видно, имеет гриф «ДСП» и не публикуется в открытых официальных источниках.
Однако, если исходить из ранее действовавших положений (Приказ Министра обороны Российской Федерации от 21 марта 2012 г. №500ДСП) и опубликованной информации, основные положения правил применения указанной надбавки не изменились, а именно:
Военнослужащим, выполнившим (подтвердившим) квалификационный уровень физической подготовленности, ежемесячная надбавка устанавливается на календарный год на основании приказа соответствующего командира (начальника) по результатам не менее двух проверок в прошедшем календарном году, одна из которых итоговая за год, контрольная или инспекторская проверка
Коль скоро в Вашем случае было не 2, а 3 проверки, а одна из них точно была контрольная, но была и итоговая проверка, право принятия решения на этом основании остаётся за командиром, основания есть и для положительного, и для отрицательного решения о начислении надбавки на 2019 год. С моей точки зрения, было бы вполне справедливо принять положительное решение по данному вопросу, поскольку дважды в течение года высший уровень подготовки был подтверждён и формальные требования приказа МО были выполнены.
Почему то не приложились документы.Прилагаю