Как быть, если поступил на очное обучение в магистратуру, но пришла повестка?

Здравствуйте, Илья! Согласно   п.2 ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»:

Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:
а) обучающиеся по очной форме обучения 

по программам магистратуры, если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратуры в год получения высшего образования по программам бакалавриата, — в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам магистратуры.

Если ВЫ отвечаете требованиям закона, ранее отсрочка по данному основанию Вам не предоставлялась, можете либо потянуть с комиссией либо  сдавать анализы и проходить комиссию. В  сентябре справки обычно уже поступают. В любом случае, при наличии права на отсрочку Вас не призовут.