Здравствуйте, Лина!
Во-первых, если Ваш учредитель фактически управляет ООО, то здесь рано или поздно может быть проблема с уголовной ответственностью, а именно:
УК РФ. Статья 173.1. Незаконное образование (создание, реорганизация) юридического лица
1. Образование (создание, реорганизация) юридического лица через подставных лиц, а также представление в орган, осуществляющий государственную регистрацию юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, данных, повлекшее внесение в единый государственный реестр юридических лиц сведений о подставных лицах, -
наказывается штрафом в размере от ста тысяч до трехсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от семи месяцев до одного года, либо принудительными работами на срок до трех лет, либо лишением свободы на тот же срок.
2. Те же деяния, совершенные:
а) лицом с использованием своего служебного положения;
б) группой лиц по предварительному сговору, -
наказываются штрафом в размере от трехсот тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет, либо обязательными работами на срок от ста восьмидесяти до двухсот сорока часов, либо лишением свободы на срок до пяти лет.
Примечание. Под подставными лицами в настоящей статье и статье 173.2 настоящего Кодекса понимаются лица, которые являются учредителями (участниками) юридического лица или органами управления юридического лица и путем введения в заблуждение либо без ведома которых были внесены данные о них в единый государственный реестр юридических лиц, а также лица, которые являются органами управления юридического лица, у которых отсутствует цель управления юридическим лицом.
Предполагаю, что сейчас эта проблема ген.директора не волнует — обычно это начинает волновать, когда уже поздно, то есть возбуждают уголовное дело.
Что касается возможности прописать в Уставе вопросы подчиненности — то это вряд ли, их полномочия должны быть «разведены» (по функционалу, правам и обязанностям). Но проблема, как я понял, состоит в том, что фактически определяет все учредитель ООО — какая разница, как это будет прописано в Уставе. Вы же сами написали, что ген.директор «просто исполнитель».
С уважением,
адвокат,
к.ю.н., доцент
Николай Викторович Полосин