Гулия, ничего конкретного Вам на данный момент сказать нельзя, пока не будет виден хотя бы договор.
НЕ понятно, в каком регионе это происходит: в Москве, в МО или в каком-то другом.
В каждом регионе порядок выдачи ГПЗУ регламентируется постановлением, который издается территориальным органом.
В случае с Московской областью одним из оснований для отказа является выявление в документах, необходимых для предоставления Государственной услуги, несоответствия требованиям конкретных норм законодательства (в том числе наложение (пересечение) границ земельных участков, расположение земельного участка в нескольких территориальных зонах, установление границ земельного участка с нарушением норм законодательства);
Вам отказ выдали письменный или просто на словах?
В случае с Вашим договором нужно понять на кого возлагались обязанности получения согласований, исправлений и прочей документации.
благодарю за ответ