Хочу заняться производством окон, рам для остекления балконов из алюминиевого профиля, с чего начать?

Как разделить производство договора, чеки, отчеты и установку по патенту Остекление балконов и лоджий. (есть патент на услугу по остеклению баклонов и лоджий).

Вам просто нужно вести раздельный учет. 

Это означает, что вы отдельно считаете выручку от остекление — с нее вы не платите налог (точнее с нее вы уже заплатили патент), а остальное — выручка, с которой вы должны уплачивать УСН 6%. 

Данный учет у вас должен «разделяться» в Книге учета доходов и расходов, где вы будете записывать все поступления. 

Статья 346.50. Налоговая ставка
В случае, если налогоплательщик осуществляет виды предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения с налоговой ставкой в размере 0 процентов, и иные виды предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения с налоговой ставкой в размере, установленном пунктом 1 настоящей статьи, или иной режим налогообложения, этот налогоплательщик обязан вести раздельный учет доходов.

Я какие отчеты я должна сдавать? Какие налоги платить?

Декларация на УСН подается 1 раз в год. Если есть работники — еще нужно сдавать за них отчетность по НДФЛ и по страховым взносам. 

Остальные налоги (транспортный, налог на имущество, земельный и т.д.) — только при наличии соответствующих объектов.

Если у меня патент 14) услуги по остеклению балконов и лоджий, нарезке стекла и зеркал, художественной обработке стекла;   при производстве и потом установке окон в рамках этого патента, кроме оплаты патента, за производство я еще должна что-то платить? Изготовленные окна не продаю, а использую их только для установки в рамках патента.

Это во многом зависит от того, как вы будете заключать договор. Если у вас будет только именно договор подряда, то такие работы-услуги попадают под патент. 
Если вы будете отдельно поставлять изготовленные изделия и отдельно их монтировать, то продажа изделий к патенту относится не будет. 

Если у меня патент 14) услуги по остеклению балконов и лоджий, нарезке стекла и зеркал, художественной обработке стекла;   при производстве и потом установке окон в рамках этого патента, кроме оплаты патента, за производство я еще должна что-то платить? Изготовленные окна не продаю, а использую их только для установки в рамках патента.

в этом случае нет, все доходы облагаются в рамках ПСН, в том числе установка рам и блоков, см. например

Письмо Минфина России от 14.01.2016 N 03-11-12/580

В связи с этим индивидуальный предприниматель, осуществляющий предпринимательскую деятельность по оказанию услуг по остеклению балконов и лоджийс установкой оконных блоков, приобретенных для этой цели у их изготовителя, может применять в отношении указанной деятельности патентную систему налогообложения.