Добрый день. Вручите подрядчику претензию с указанием на допущенные нарушения, в претензии потребуйте подрядчика устранить их за свой счет в разумный срок и выплатить Вам компенсацию за задержку сроков сдачи работ, поскольку по договору между Вами подлежат оплате выполненные работы, соответственно в надлежащем качестве, а в данный момент отсутствует заказанный результат, недостатки подлежат устранению. Очевидно, что в дальнейшем придется судиться, экспертизу можно просить в суде, сейчас недостатки можете перечислить и сами в целях экономии денежных средств.
Вот уточнение существенно меняет вопрос, Вам необходимо в претензии отразить, что после принятия работ выявлены существенные недостатки, которые исполнитель обязан устранить, поскольку не качественная работа и скрытые недостатки допущены по вине исполнителя. Если исполнитель не устранит их, то до устранения заказчик не сможет оплатить некачественную работу, если устранения недостатков со стороны исполнителя, то заказчик произведет зачтет стоимость оплаты на стоимость устранения недостатков у другого подрядчика, а если устранение недостатков потребует больше средств, то убытки заказчика будут взыскиваться в судебном порядке. Соответственно при подаче исполнителем иска, Вы согласно претензии заявите встречный иск.