Штраф Вы в любом случае обязаны будете заплатить по ст. 18.8 КоАП РФ. При этом нижеследующая статья устанавливает перечень оснований для отказа в приеме заявления на получение гражданства.
Федеральный закон «О гражданстве Российской Федерации» от 31.05.2002 N 62-ФЗ
Статья 16. Основания отклонения заявлений о выдаче уведомления о возможности приема в гражданство Российской Федерации, о приеме в гражданство Российской Федерации и о восстановлении в гражданстве Российской Федерации
г) имеют ограничения на въезд в Российскую Федерацию в связи с тем, что они подвергались административному выдворению за пределы Российской Федерации, депортации или передавались Российской Федерацией иностранному государству в соответствии с международными договорами Российской Федерации о реадмиссии, либо в связи с принятием в отношении лица решения о нежелательности пребывания (проживания) в Российской Федерации (до истечения установленных сроков ограничения на въезд в Российскую Федерацию);
http://www.consultant.ru/docum...
У Вас нет ограничения на въезд, поэтому Ваше заявление должно быть принято и рассмотрено.
Статья 18.8 КоАП РФ. Нарушение иностранным гражданином или лицом без гражданства правил въезда в Российскую Федерацию либо режима пребывания (проживания) в Российской Федерации
1. Нарушение иностранным гражданином или лицом без гражданства правил въезда в Российскую Федерацию либо режима пребывания (проживания) в Российской Федерации, выразившееся в нарушении установленных правил въезда в Российскую Федерацию, в нарушении правилмиграционного учета, передвижения или порядка выбора места пребывания или жительства, транзитного проезда через территорию Российской Федерации, в неисполнении обязанностей по уведомлению о подтверждении своего проживания в Российской Федерации в случаях, установленных федеральным законом, — влечет наложение административного штрафа в размере от двух тысяч до пяти тысяч рублей с административным выдворением за пределы Российской Федерации или без такового.