Должна ли разница между договором аренды и субарендой учитываться как доход в натуральной форме?

Николай, добрый день! Согласно ст. 211 НК

1. При получении налогоплательщиком дохода от организаций и индивидуальных предпринимателей в натуральной форме в виде товаров (работ, услуг), иного имущества, налоговая база определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг) иного имущества, исчисленная исходя из их цен, определяемых в порядке, аналогичном предусмотренному статьей 105.3 настоящего Кодекса.
 
При этом в стоимость таких товаров (работ, услуг) включается соответствующая сумма налога на добавленную стоимость, акцизов и исключается частичная оплата налогоплательщиком стоимости полученных им товаров, выполненных для него работ, оказанных ему услуг.

поскольку такие доходы не включены в ст. 217 НК, в силу ст. 226 НК организация работодатель как налоговый агент должен удерживать и уплачивать НДФЛ с данного дохода работников

Здравствуйте, Николай!

Вопрос в следующем. Должна ли разница между договором аренды и субарендой учитываться как доход в натуральной форме для работника и должна ли эта сумму облагаться НДФЛ?

Да, в данном случае возникает доход в виде материальной выгоды. 

Статья 212. Особенности определения налоговой базы при получении доходов в виде материальной выгоды

2) материальная выгода, полученная от приобретения товаров (работ, услуг) в соответствии с гражданско-правовым договором у физических лиц, организаций и индивидуальных предпринимателей, являющихся взаимозависимыми по отношению к налогоплательщику;

3. При получении налогоплательщиком дохода в виде материальной выгоды, указанной в подпункте 2 пункта 1 настоящей статьи, налоговая база определяется как превышение цены идентичных (однородных) товаров (работ, услуг), реализуемых лицами, являющимися взаимозависимыми по отношению к налогоплательщику, в обычных условиях лицам, не являющимся взаимозависимыми, над ценами реализации идентичных (однородных) товаров (работ, услуг) налогоплательщику.

Кроме того, какую сумму можно исключить из налогооблагаемой базы для исчисления налога на прибыль. Все затраты по аренде 16 машиномест, разницу между арендой и субарендой или все расходы принять к расходам в налоговом учете?

В целом, несмотря на то, что вы получаете убыток, все данные расходы вполне экономически обоснованы и документально подтверждены по ст.252 НК РФ. Поэтому по налогу на прибыль их можно учесть полностью. Риски исключения расходов здесь минимальные.