Если физическим лицом — резидентом РФ получено вознаграждение за совершение действий от источников в РФ, то оно будет облагаться НДФЛ по ставке 13% (пп. 6 п. 1 ст. 208 и п. 1 ст. 224 Налогового кодекса РФ).
Российское общество будет налоговым агентом по операциям смены владельца доменного имени, так как является источником дохода (ст. 226 НК РФ).
Льготный трехгодичный или пятилетний период владения, предусмотренный, например, по недвижимому имуществу, для доменных имен не установлен НК РФ, так как получается доход от совершения действий, а не от реализации имущества (п. п. 3 и 4 ст. 217.1 НК РФ).
По похожей ситуации дано разъяснение в письме ФНС РФ от 15.02.2012 N ЕД-3-3/465@.
Таким образом, НДФЛ уплачивать придется, но это должно сделать юридическое лицо-покупатель, как налоговый агент, удержав с выплаченного Вам дохода, то есть лично Вам декларацию 3-НДФЛ подавать и платить НДФЛ не придется.