Должен ли я писать рапорт на увольнение, если ВВК признало меня негодным?

ЗДравствуйте

ДА, рапорт пишется в любом случае, так и пишите, прошу уволить и основание.

Федеральный закон от 28.03.1998 N 53-ФЗ (ред. от 07.03.2018) «О воинской обязанности и военной службе»КонсультантПлюс: примечание.
По вопросу, касающемуся увольнения с военной службы, см. также ст. 23 ФЗ 27.05.1998 N 76-ФЗ и ст. 34 Указа Президента РФ от 16.09.1999 N 1237.

Статья 51. Основания увольнения с военной службы
 

1. Военнослужащий подлежит увольнению с военной службы:
а) по возрасту — по достижении предельного возраста пребывания на военной службе;
б) по истечении срока военной службы по призыву или срока контракта;
в) по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе;