Относительно уплаты НДС налогоплательщиками на УСН в подобной ситуации ФНС России дала разъяснения в Письме от 08.11.2016 N СД-4-3/21119@:
В случае выставления лицами, не являющимися налогоплательщиками НДС, в том числе организациями и индивидуальными предпринимателями, перешедшими на упрощенную систему налогообложения, покупателю товаров (работ, услуг) счета-фактуры с выделением суммы НДС вся сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, в соответствии с пунктом 5 статьи 173 Кодекса подлежит уплате в бюджет.
В связи с этим в случае, если в государственном контракте на поставку товаров (работ, услуг) их стоимость указана «с НДС» и при оплате этих товаров (работ, услуг) заказчиком в платежном поручении выделена сумма НДС при невыставлении счета-фактуры у продавца, применяющего упрощенную систему налогообложения, обязанность уплатить НДС в бюджет в соответствии с положениями главы 21 Кодекса не возникает.
ФНС России также отмечает, что при рассмотрении вопроса о расчете (завышении) цены государственного контракта на выполнение работ в данной ситуации необходимо учитывать, что на основании подпункта 3 пункта 2 статьи 170 Кодекса суммы НДС по товарам (работам, услугам), предъявленные лицам, не являющимся плательщиками этого налога, учитываются в стоимости этих приобретенных товаров (работ, услуг)".
То есть, исходя из позиции ФНС России, выделение НДС в актах выполненных работ и платежках, не обязывает плательщика УСН выставлять счета-фактуры и уплачивать НДС в бюджет. Полученная сумма НДС включается в доход по УСН и облагается в общем порядке.
В Письме Минфина России от 26.09.2017 N 24-03-07/62238 разъяснено о необходимости уплаты полной суммы контракта вне зависимости от системы налогообложения:
«В соответствии с частью 10 статьи 70 и частью 14 статьи 78 Закона о контрактной системе контракт заключается на условиях, указанных в извещении о проведении электронного аукциона, запроса котировок и документации о таком аукционе, по цене, предложенной победителем.
Согласно части 1 статьи 54 и части 17 статьи 83 Закона о контрактной системе по результатам конкурса, запроса предложений контракт заключается на условиях, указанных в заявке, окончательном предложении участника конкурса, запроса предложений, признанного победителем конкурса, запроса предложений.
Таким образом, с учетом положений Закона о контрактной системе контракт заключается и оплачивается заказчиком по цене победителя закупок вне зависимости от применения системы налогообложения у победителя.
Сумма, предусмотренная контрактом за выполненный объем работ, должна быть оплачена победителю закупок в установленном контрактом размере».
