Законно ли требование ПФ подтвердить наличие договора о пенсионном обеспечении с Эстонией?

Договор имеется как вы знаете.

Федеральный закон от 31.01.2012 N 1-ФЗ «О ратификации Договора между РФ и Эстонской Республикой о сотрудничестве в области пенсионного обеспечения»

Согласно договору назначение пенсий осуществляется с учетом пенсионного стажа, приобретенного на территории РФ и Эстонии, за исключением случаев, когда периоды этого стажа совпадают по времени. При этом каждая сторона исчисляет размер пенсии, соответствующий пенсионному стажу, приобретенному на ее территории, согласно положениям своего законодательства.

Действие договора распространяется на лиц, являющихся гражданами РФ и Эстонии, и лиц без гражданства, проживающих на территории этих государств, а также членов семей перечисленных лиц.

Договор позволит предоставить пенсионные права гражданам России, проживающим в Эстонии, достигшим пенсионного возраста по российскому законодательству, до наступления пенсионного возраста по эстонскому законодательству, а также реализовать право на пенсию за периоды трудовой деятельности на территории Эстонии военнослужащим — гражданам России, получающим пенсию за выслугу лет.

http://www.consultant.ru/law/hotdocs/16993.html/
© КонсультантПлюс, 1997-2018

Что касается обжалования ПФР, то  вам должны предоставить письменный отказ, после чего вы  имеете право  обжаловать его   в суде, подав административное исковое заявление  в рамках КАС РФ