Как решить вопрос с оспоримыми и недействительными сделками в ООО?

В обоих случаях, и директор и глабух являются физическими лицами, споры с ними регулируются ТК РФ, поэтому советую обратиться в районный суд. Но иски о признании самих сделок недействительными конечно в арбитражный суд. Согласно

«Арбитражный процессуальный кодекс Российской Федерации» от 24.07.2002 N 95-ФЗ (ред. от 29.07.2017)АПК РФ Статья 27. Подведомственность дел арбитражному суду

 
1. Арбитражному суду подведомственны дела по экономическим спорам и другие дела, связанные с осуществлением предпринимательской и иной экономической деятельности.
2. Арбитражные суды разрешают экономические споры и рассматривают иные дела с участием организаций, являющихся юридическими лицами, граждан, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица и имеющих статус индивидуального предпринимателя, приобретенный в установленном законом порядке (далее — индивидуальные предприниматели), а в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами, с участием Российской Федерации, субъектов Российской Федерации, муниципальных образований, государственных органов, органов местного самоуправления, иных органов, должностных лиц, образований, не имеющих статуса юридического лица, и граждан, не имеющих статуса индивидуального предпринимателя (далее — организации и граждане).

Анна, надо понимать предмет и основания Ваших исков.

1. Сделки оспаривать в Арбитраже.

2. Взыскивать убытки ТАКЖЕ в Арбитраже (!) — это корпоративный спор. 

3. Если спор будет связан с ответственностью по Трудовому договору и взыскание прямого ущерба работодателя — общая юрисдикция.

Перед Вами какая задача стоит? Если деньги вернуть — забудьте про бухгалтера, лучше все сосредоточить на ГД, у которого есть другие фирмы. Иначе получится иск ради иска.