Данный вопрос регулируется, прежде всего, Приказом Министра обороны РФ от 26 июля 2010 г. N 1010 «О дополнительных мерах по повышению эффективности использования фондов денежного довольствия военнослужащих и оплаты труда лиц гражданского персонала Вооруженных Сил Российской Федерации».
Пункт 7 Приказа определяет, что конкретные размеры дополнительного материального стимулирования определяются по результатам исполнения военнослужащими должностных обязанностей в период, за который производится дополнительное материальное стимулирование.
В силу того, что Приказом 1010 премия определена как ежеквартальная, но последние несколько лет, согласно телеграммам, выплачивается по итогам года, в вашем случае, оснований к снижению расчетной суммы не имеется (при отсутствия на то других весомых оснований в виде неудовлетворительного исполнения должностных обязанностей).
Основными критериями для непредставления военнослужащего к премированию выступают, прежде всего, положения, указанные в пункте 11 Приказа 1010. В остальных случаях, когда на день издания приказа о выплате премии имелись указанные выше взыскания, но они впоследствии были сняты, либо есть другие взыскания (но не поименованные в п. 11 Приказа 1010) у командира имеются законные основания к снижению (подчеркну это слово) размера премии.
Нужно добавить, что если при отсутствии на то законных оснований (в случаях похожих на ваш) премия все же была снижена и основываясь на том, что механизм расчета премии 1010 в таких ситуациях не урегулирован законодательством, одним из лучших выходов будет решение вопроса в судебном порядке.