Может ли работодатель удерживать подоходный налог 16%, а не 13%?

Добрый день. Если это работодатель из Зурумбии, то возможно. что может. Что касается работодателей из РФ, то устанавливать налоговые ставки по НДФЛ, отличные от установленных в ст. 224 НК РФ, работодатели из РФ не вправе.

НК РФ

Статья 224. Налоговые ставки 
1. Налоговая ставка устанавливается в размере 13 процентов, если иное не предусмотрено настоящей статьей.
2. Налоговая ставка устанавливается в размере 35 процентов в отношении следующих доходов:
абзац исключен. — Федеральный закон от 29.05.2002 N 57-ФЗ;
стоимости любых выигрышей и призов, получаемых в проводимых конкурсах, играх и других мероприятиях в целях рекламы товаров, работ и услуг, в части превышения размеров, указанных в пункте 28 статьи 217 настоящего Кодекса;
абзац утратил силу с 1 января 2008 года. — Федеральный закон от 24.07.2007 N 216-ФЗ;
процентных доходов по вкладам в банках, находящихся на территории Российской Федерации, налоговая база по которым определяется в соответствии со статьей 214.2 настоящего Кодекса;
суммы экономии на процентах при получении налогоплательщиками заемных (кредитных) средств в части превышения размеров, указанных в пункте 2 статьи 212 настоящего Кодекса;
доходов в виде платы за использование денежных средств членов кредитного потребительского кооператива (пайщиков), а также процентов за использование сельскохозяйственным кредитным потребительским кооперативом средств, привлекаемых в форме займов от членов сельскохозяйственного кредитного потребительского кооператива или ассоциированных членов сельскохозяйственного кредитного потребительского кооператива, налоговая база по которым определяется в соответствии со статьей 214.2.1 настоящего Кодекса.
3. Налоговая ставка устанавливается в размере 30 процентов в отношении всех доходов, получаемых физическими лицами, не являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за исключением доходов, получаемых:
в виде дивидендов от долевого участия в деятельности российских организаций, в отношении которых налоговая ставка устанавливается в размере 15 процентов;
от осуществления трудовой деятельности, указанной в статье 227.1 настоящего Кодекса, в отношении которых налоговая ставка устанавливается в размере 13 процентов;
от осуществления трудовой деятельности в качестве высококвалифицированного специалиста в соответствии с Федеральным законом от 25 июля 2002 года N 115-ФЗ «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации», в отношении которых налоговая ставка устанавливается в размере 13 процентов;
от осуществления трудовой деятельности участниками Государственной программы по оказанию содействия добровольному переселению в Российскую Федерацию соотечественников, проживающих за рубежом, а также членами их семей, совместно переселившимися на постоянное место жительства в Российскую Федерацию, в отношении которых налоговая ставка устанавливается в размере 13 процентов;
от исполнения трудовых обязанностей членами экипажей судов, плавающих под Государственным флагом Российской Федерации, в отношении которых налоговая ставка устанавливается в размере 13 процентов;
от осуществления трудовой деятельности иностранными гражданами или лицами без гражданства, признанными беженцами или получившими временное убежище на территории Российской Федерации в соответствии с Федеральным законом «О беженцах», в отношении которых налоговая ставка устанавливается в размере 13 процентов.
4. Утратил силу. — Федеральный закон от 24.11.2014 N 366-ФЗ.
5. Налоговая ставка устанавливается в размере 9 процентов в отношении доходов в виде процентов по облигациям с ипотечным покрытием, эмитированным до 1 января 2007 года, а также по доходам учредителей доверительного управления ипотечным покрытием, полученным на основании приобретения ипотечных сертификатов участия, выданных управляющим ипотечным покрытием до 1 января 2007 года.
6. Налоговая ставка устанавливается в размере 30 процентов в отношении доходов по ценным бумагам (за исключением доходов в виде дивидендов), выпущенным российскими организациями, права по которым учитываются на счете депо иностранного номинального держателя, счете депо иностранного уполномоченного держателя и (или) счете депо депозитарных программ, выплачиваемых лицам, информация о которых не была предоставлена налоговому агенту в соответствии с требованиями статьи 214.6 настоящего Кодекса.

Катерина, ваш работодателя не прав в соответствии со ст 224 НК РФ,  у вас из заработной платы он может удерживать не больше 13 %, не зависимо от графика работы. Кроме того если у вас есть дети, фиксированная сумма на каждого ребёнка исключает моя из надолго облагаемой базы.

В соответствии с налоговым кодексом РФ статья 224  Налоговая ставка по налогу на доходы физических лиц устанавливается в размере 13 процентов, если иное не предусмотрено настоящей статьей. В статье перечень иных ставок налога, но Вашего случае в ней нет. Кроме того ставки 16% нет вообще. Налоговый кодекс  — федеральный закон и изменять его по своему усмотрению Ваш работодатель права не имеет.