Перечисление налогового вычета, если нарушены сроки камеральной проверки

Это возможно на основании п. 5 ст .78 нк рф, но если налоговый орган не нарушил порядок взыскания транспортного налога, что предусматривает направление требования о его уплате. Если не согласны с правомерностью долга по транспортному налогу, его размеру — вправе подать жалобу в вышестоящий налоговый орган ст. 138 нк рф. Если размер долга по налогу меньше размера вычета, нет препятствия предоставления этой разницы. 

НК РФ Статья 78. 
5. Зачет суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки по иным налогам, задолженности по пеням и (или) штрафам, подлежащим уплате или взысканию в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, производится налоговыми органами самостоятельно.
В случае, предусмотренном настоящим пунктом, решение о зачете суммы излишне уплаченного налога принимается налоговым органом в течение 10 дней со дня обнаружения им факта излишней уплаты налога или со дня подписания налоговым органом и налогоплательщиком акта совместной сверки уплаченных им налогов, если такая совместная сверка проводилась, либо со дня вступления в силу решения суда.
Положение, предусмотренное настоящим пунктом, не препятствует налогоплательщику представить в налоговый орган письменное заявление (заявление, представленное в электронной форме с усиленной квалифицированной электронной подписью по телекоммуникационным каналам связи или представленное через личный кабинет налогоплательщика) о зачете суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки (задолженности по пеням, штрафам). В этом случае решение налогового органа о зачете суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки и задолженности по пеням, штрафам принимается в течение 10 дней со дня получения указанного заявления налогоплательщика или со дня подписания налоговым органом и этим налогоплательщиком акта совместной сверки уплаченных им налогов, если такая совместная сверка проводилась.
 
НК РФ Статья 363. Порядок и сроки уплаты налога и авансовых платежей по налогу
3. Налогоплательщики — физические лица уплачивают транспортный налог на основании налогового уведомления, направляемого налоговым органом.
(в ред. Федерального закона от 04.11.2014 N 347-ФЗ)
(см. текст в предыдущей редакции)
Направление налогового уведомления допускается не более чем за три налоговых периода, предшествующих календарному году его направления.
(абзац введен Федеральным законом от 28.11.2009 N 283-ФЗ)
Налогоплательщики, указанные в абзаце первом настоящего пункта, уплачивают налог не более чем за три налоговых периода, предшествующих календарному году направления налогового уведомления, указанного в абзаце втором настоящего пункта.