Здравствуйте.
В данном случае исковое заявление предъявляется к организации, которая указана в соответствующем трудовом договоре в качестве работодателя.
Если указаны обе организации, то предъявляете исковое заявление к обеим организациям как к соответчикам и в этом случае подсудность выбираете по месту нахождения одного из ответчиков (ст. 28, ч.1 ст. 31 ГПК РФ).
Статья 28. Предъявление иска по месту жительства или месту нахождения ответчика
Иск предъявляется в суд по месту жительства ответчика. Иск к организации предъявляется в суд по месту нахождения организации.
Статья 31. Подсудность нескольких связанных между собой дел
1. Иск к нескольким ответчикам, проживающим или находящимся в разных местах, предъявляется в суд по месту жительства или месту нахождения одного из ответчиков по выбору истца.
При этом, также исковое заявление может быть предъявлено по месту исполнения договора согласно ст. 29 части 9 ГПК РФ:
9. Иски, вытекающие из договоров, в том числе трудовых, в которых указано место их исполнения, могут быть предъявлены также в суд по месту исполнения такого договора.