Татьяна, добрый день. Юридических оснований для отказа в приеме заявления на бумажном носителе у паспортного стола нет.
Напишите жалобу с описанием ситуации в простой письменной форме на имя начальника и зарегистрируйте входящий номер. В жалобе укажите срок для ответа. Обычно этого достаточно. Если ситуация не разрешится, необходимо обращаться с подобной жалобой в вышестоящее (областное) управление по вопросам миграции министерства внутренних дел. Для справки попробуйте позвонить по их телефонам, размещенным на официальном сайте: УВМ ГУ МВД России по Челябинской области 8 (351) 239-10-08, 239-10-15454091, Челябинск, ул. Плеханова, 1В. 8 (351) 239-09-65 - «горячая линия».